IFAU leds av en generaldirektör som utses av regeringen.
Vid institutet finns ett vetenskapligt råd bestående ordförande och nio ledamöter från olika forskningsområden. Rådet arbetar framförallt med beviljandet av forskningsbidrag.
I IFAU:s referensgrupp sitter arbetsgivar- och arbetstagarorganisationer samt berörda departement och myndigheter.
